Rmarkdown tutorial

A short description of the rmarkdwon tutorial.

Rmarkdown学术写作

介绍

Rmarkdown学术写作课程（医咖会）

适用人群

科研工作者、研究生、数据科学从业者等

课程大纲

第一章 准备工作与理论

1. Rmarkdown是什么（生态、作者、历史），可以做什么

• 写论文
• 写书
• 写毕业论文
• 写学术墙报
• 写简历
• …

2. Rmarkdown写作的优势（相较于word、jupyter notebook）

• all in one (即将写作和统计分析、作图融合在一起，一个程序解决所有问题)
• 兼容markdown语法、可以运行R以外的代码（python、javascript等）
• 可以将文档转化成各种常见格式，便于发布和整理
• 可以和git融合，方便版本控制，天生开源特性
• 丰富的模板和自动化操作

3. Rstudio的安装、设置和包管理

• Rstudio的安装及注意事项
• Rstudio的设置
• 包管理（内置方法、devtools、remotes、pacman）

4. Rmarkdown需要安装的包

• tinytex
• rticles
• tidyverse
• bookdown

5. Rmarkdown的结构及工作原理

• Rmd文件结构（yaml、text（markdown、latex）、chunk option、code chunk）

第二章 基础操作与参数讲解

1. yaml头部及参数

• yaml this包快速设置
• yaml语法注意事项
• 常见参数设置title|author|output|toc|template|reference等

2. markdown语法速成（10分钟）
3. chunk（代码块）

• 插入代码块（R和python演示）
• chunk option

4. 表格

• 表格使用的包（flextable、kable）
• 和我一起Table one

5. 图片

• chunk文档内生成图片
• 外部图片

6. 文档拆分与合并
7. 引用

• csl及引文样式
• 配合参考文献管理工具（jabref、endnote、zotero）
• 参考文献引用（1.4版本说明）
• 文档内部引用（引用图片、表格或某章节）

8. 一些格式操作

• 分页
• header latex设置和模板
• 首行缩进

9. 输出操作

• pdf
• word
• html

第三章 实战学术写作

1. 实战

• 写一个完整的manuscript

• 关于rticles包

• 写一个post（postdown包）

• 写一本书，以R Markdown Cookbook这本开元书籍为例

• 写一个学术简历（vitae包）

2. 结语

• 我的一些理念
• 对R的未来畅想
• 致谢

关于作者

湖南中医药大学 梁昊 医学博士，讲师，主治医师